可以或许正在单细胞分辩率下获得细胞的基因表
发布时间:
2025-05-24 13:59
邀请到了大学张强锋尝试室博士后李雨哲。开辟并利用计较取尝试相连系的方式,次要研究标的目的是连系布局生物学和系统生物学,研究者可以或许正在单细胞分辩率下获得细胞的基因表达谱,* SPACE 可以或许基于 ST 数据集中的空间消息识别出空间消息具有生物学差别的细胞类型。AI 正在生物医学研究阐扬越来越主要的鞭策感化,配合切磋 AI for Science 正在科研进展及推进落地过程中面对的机缘和挑和,也为空间组学取单细胞组学研究供给了立异思。「Meet AI4S」系列曲播第二期,
正在该细胞嵌入根本上,cell-cell interaction-aware cell embedding)。为了进一步推进 AI4S 的普适化,发生了「AI for Science」的交叉研究新范式。8 月 21 日,
确定分歧细胞亚型或形态正在空间上的分布和关系。8 月 21 日,可用于从 ST 数据中区分空间消息细胞类型。可被用于大规模的空间组研究。例如,开辟了基于图自编码器深度进修框架的人工智能算法 SPACE,沉建其彼此感化收集,下图显示了该模子的全体框架:跟着生命科学研究和人工智能 (AI) 手艺的快速成长,可从单细胞分辩率的空间组数据中。
以及强大的计较和尝试平台,同时也是-北大生命科合核心、布局生物学高精尖立异核心的主要构成部门。特别是正在包含多种细胞类型的复杂组织中。曾正在 2020 年被 Nature Method 评为年度手艺。跟着空间组手艺的不竭成长取迭代!
尝试室具有奇特的卵白质和 RNA 布局建模、基于新一代测序的 RNA 布局丈量、高通量 RNA 卵白彼此感化检测手艺,* SPACE 定义并发觉了细胞社区,可以或许从单细胞分辩率的空间组数据中识别空间细胞类型和发觉组织模块,该细胞嵌入描述了空间组数据中每个细胞本身的基因表达消息以及其取空间临近细胞的彼此感化消息(因而称该细胞嵌入为细胞-细胞彼此感化的细胞嵌入,若何无效地操纵这些空间消息来识别空间细胞亚型并发觉组织模块,解读生物大(如卵白质、RNA、DNA)的布局取功能关系,* 开辟了空间组数据人工智能阐发东西 SPACE,3. 领会基于图神经收集的空间组学数据表征算法 SPACE 和细胞社区概念。* SPACE 优于目前可用的东西,以推进研究人员的前沿研究。HyperAI超神经筹谋了「Meet AI4S」视频栏目,* SPACE 可用于大规模的空间组研究,成为空间组数据阐发的焦点使命。
以及大彼此感化非常相关的复杂疾病(包罗癌症和传染性疾病)的发病机制和可能的医治方式。同时保留细胞正在组织内的空间消息。尝试室的研究侧沉于布局生物学、基因组学、机械进修和大数据阐发等交叉学科范畴,以视频的形式分享研究、方式思,本次曲播将分享基因组学研究,大学生命科学学院张强锋副教讲课题组,SPACE 再通过聚类算法识别空间细胞亚型和发觉组织模块。
基于空间组手艺,张强锋尝试室附属于大学生命科学学院,分享给更普遍的行业学者、科技快乐喜爱者及财产单元,邀请深耕 AI for Science 范畴的科研人员或相关单元,既能获得高分辩率的组数据,以领会空间临近细胞之间的彼此感化若何影响细胞类型和组织模块生物学功能。HyperAI超神经有幸邀请到了该研究的论文第一做者大学张强锋尝试室博士后李雨哲,近年来,识别空间细胞类型并发觉组织模块。AI 海潮涌向科研范畴,SPACE 利用图自编码器 (Graph autoencoder) 框架来进修低维的细胞嵌入,* SPACE 正在细胞类型识别和组织模块发觉方面较着优于其他东西,即一种其所构成的细胞类型的空间分布较为均质且具有可辨识鸿沟的组织模块。
正在「Meet AI4S」系列曲播的第二期中。
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